滴虫主要寄生在女性阴道里，也可寄生在尿道、尿道旁腺等处。男性的尿道及前列腺亦可被感染。因此，妻子患了滴虫病，丈夫也容易遭殃。
在正常情况下，阴道表皮含有大量糖元，糖元经寄生于阴道的乳酸杆菌的发酵，产生大量乳酸，使阴道维持较强的酸性，抑制杂菌的生长。当感染滴虫后，阴道里的糖元被滴虫所消耗，乳酸养活使阴道酸度降低。其他细菌就容易侵入而引起感染。
